Checa se sitúa a una altitud de 1.363 metros sobre el nivel del mar y ocupa una extensión de 189,78 km2, siendo uno de los municipios más extensos de Castilla-La Mancha. Se encuentra enclavado en un valle, flanqueado por dos altos cerros, El Picorzo y Pedro Maza, y un hermoso pinar conocido como dehesa de La Espineda; al Sur Sierra Molina.
Geográficamente se sitúa en la parte castellana del Sistema Ibérico, próximo a los Montes Universales, en la zona de contacto entre la Sierra de Albarracín y la de Cuenca. Desde 1998 forma parte del Parque Natural del Alto Tajo, siendo su riqueza natural, en cuanto a geología, flora y fauna se refiere, muy diversa y rica.
El territorio checano es abrupto y montuoso, sobre todo en Sierra Molina, y está surcado por los ríos Cabrillas, Genitoris, Hoz Seca y Tajo. Precisamente el curso del río Tajo, infranqueable e inaccesible, hace de límite con las provincias de Teruel y de Cuenca. En él convergen las ramblas del Hoz Seca y Villarejo, que atraviesan Sierra Molina, portando al Tajo un gran caudal de aguas por debajo de tierra. De ahí el dicho de que “el Tajo lleva la fama y el Hoz Seca el agua”.
El río Genitoris (degeneración de su denominación Gil de Torres), en su corto curso de agua (2 km.) atraviesa inusitadamente la villa dividiéndola en dos barrios, pegado a las casas, forma dos saltos de aguas a modo de cascadas, y es atravesado por cinco puentes antes de confluir sus aguas en el río Cabrillas; todo lo cual da a Checa un pintoresco atractivo y originalidad.
Las elevaciones medias oscilan entre 1.600 y 1.800 metros, destacando El Mojón Blanco con 1.792 metros, Alto de las Molederas con 1.576 metros y Cerro Saya Pánida con 1.587 metros.
El clima es de tipo mediterráneo continentalizado, siendo los veranos de corta duración y frescos, mientras que los inviernos son largos muy duros (llegando a temperaturas de -28º).
Geográficamente Checa limita al Este con Orea, al Sureste con Albarracín, al Sur con Tragacete, al Oeste con Beteta y con Peralejos de las Truchas, y al Norte con Chequilla, Traíd y Alcoroches.
Es un pueblo que durante mucho tiempo ha practicado la trashumancia, aunque actualmente esta práctica ganadera está en desuso. En la agricultura destacan los cultivos de trigo y cebada, así como pequeñas huertas familiares para consumo personal, con cultivo de hortalizas, patatas, judías y tomates.